Doğadaki canlıların özelliklerine,yaşayışlarına ve akrabalık derecelerine ğöre gruplandırılmasına sınıflandırma denir.Sınıflandırmanın amacı;canlıları belirli bir sisteme oturtmak ve doğayı daha kolay öğrenilebilir hale getirmektir.
Bu şekilde canlıların dış ğörünüşlerine ve yaşadığı yere bakılarak yapılan sınıflandırmaya yapay(ampirik) sınıflandırma denir.Bilimsel değildir.
Tabi sınıflandırma(filogenetik) canlıların yapısal benzerliğine,akrabalık derecesine ve evrim basamaklarına ğöre yapılır.
Homolog organlar:Kökenleri aynı görevleri farklı olan organlardır.İnsanın kolu ,balinanın yüzgeci vb.Eğer iki canlı arasında homolog yapılar çok ise bu iki canlı yakın akraba olabilir.Analog yapılar çok ise bu iki canlı birbirine uzak akrabalardır.
Analog organlar:Kökenleri farklı,görevleri aynı olan organlardır.Sinegin kanadı ile yarasanın kanadı gibi.
Sınıflandırmada temel birim türdür.TÜR:Ortak bir atadan gelen,yapı ve görev bakımından benzer özelliklere sahip,doğada yalnız kendi aralarında serbestçe üreyebilen ve verimli(kısır olmayan) yavrular oluşturan bireyler toplulugudur.
A.İkili adlandırma:Birinci kelime türün bağlı olduğu cins adıdır ve büyük harfle başlar,ikinci kelime ise tanımlayıcı ad olarak kullanılır ve küçük harfle başlar.Her ikisi birden tür adı olarak gecer.
B.Sınıflandırmanın birimleri:
Alemden türe inildikçe canlılarda ortak özellik artar,birey sayısı ve farklı özellikler azalır.Türden aleme doğru gidildikçe ise ortak özelliği azalır,birey sayısı ve farklı özellikler artar.
Tür(species) -----> Cins(genus) ------> Aile(familya) ------> Takım(ordu)-------->
Sınıf(classis) -------> Şube(filum) ---------> Alem(regnum)
Sınıflandırmada dikkat edilen hususlar=
Hücre tipi sayısı ve organeller, morfolojik yapılar,üreme ve beslenme şekli,simetri şekilleri,embriyo tabakalarının sayıları,vüçüt boşlugu tipleri,vücut bölmelerinin segmentli oluşu,bulundukları ortam ve organizasyon düzeyindeki farklılıklardır.
CANLILAR ALEMİ
Canlılar hücre yapılarına göre ikiye ayrılır.6 Aleme ayrılırlar.
1-)Prokaryotikler :Çekirdek zarı ve zarlı organelleri olmayan hücresel yapıya sahiptirler.Bu canlılar Monera alemi olarak adlandırılır.
2-)Ökaryotikler : Zarlı organel ve çekirdeğe sahip olan canlılardır.
A-BAKTERİLER.
*Mikroskobik , tek hücreli canlılardır.
*Ribozom haricinde zarla çevrili organeli yoktur.
*Ribozom,DNA,RNA,sitoplazma ve hücre zarı temel organelleridir.
*Bazı bakterilerde çeperin dışında kapsül bulunur. Bu kapsül bakteriye direnç verir ve hastalık yapma özelliğini artırır.
*Bazıları kamçısıyla aktif olarak hareket edebilirken,bazıları pasif olarak hareket ederler.
*Bazı bakteriler çubuk, bazıları yuvarlak, bazıları virgül, bazıları da spiral biçimindedir.
*İnsan için zararlı olanlarının yanında ,faydalı bakterilerde vardır.
Bakteriler 0,2-2 mikron büyüklüğünde mikroorganizmalardır (1 mikron = 10″6 m.). Bakterilerin sitoplazması “Sitoplazma zarı” denilen bir zar içinde bulunur. Bakterilerin hücre yapıları insan hücrelerinden farklıdır. Bakterilerin sahip oldukları hücresel öğeleri sıraladıktan sonra bunları ayrı ayrı inceleyeceğiz. 1) Sitoplazma zarı 2) Hücre duvarı 3) Kapsül 4] Fimbria 5) Kamçı 6 ) Çekirdek maddesi 7} Ribozom Mezosom 9) İnklüzyon cisimciği. “Sitoplazma zarı” bir bakterinin en iç duvarını oluşturur. “Lipo proteinlerin” yapısında olan sitoplazma zarı, bakterinin sitoplazmasmı dışarıdan sarar. Bu zar bakterinin biçimini belirlemekle görevli değildir. Başlıca görevi bakteri içine girecek besin maddelerine karşı seçici bir zar görevini üstlenmiş olmasıdır. Bakteriden dışarı atılacak bazı enzim ve artık maddelerin de seçiciliğini yapar.
“Hücre duvarı” sitoplazma zarının hemen dışında bulunur. Bakterilere özel biçimlerini kazandıracak kadar sert bir yapısı vardır. Hücre duvarının hücre içiyle dışı arasındaki madde alışverişinde etkin görevi yoktur. Ancak bakteri hücresinin boyanma özelliği etkiler. Kapsül denilen üçüncü bir duvar tabakasına bazı bakteri türlerinde rastlanır. Kapsül, bulunduğu bakteriye özgün bağışıklık özellikleri kazandırır, antibiyotiklere ve fagositoza karşı dirençli kılar. Fimbrialar hareket işleviyle ilgili değildirler. Bakterinin besinle temas yüzeyini daha da artırarak, yakın bir ilişkiye girmelerini ve konak hücreye yapışmalarını sağladıkları düşünülmektedir. Bundan başka özel bir fimbria (seks fimbrîası) bakterinin aynı türden başka bakterilere yapışarak ona genetik madde aracılığı ile bazı özelikleri de aktarmasını sağlamaktır. “Kamçı”, bakterilerin hareketliliğini sağlayan bir uzantıdır.
“Çekirdek maddesi”, DNA ve/veya RNA içerebilen bakteri içi maddeleridir. Bakterilerin çekirdek zarı bulunmadığı için çekirdek maddesi bakteri ‘içine dağılmış olarak bulunur. “Ribozomların görevi”, insan hücrelerindeki ribozomların görevlerinin aynıdır. Bakterilerde-ki ribozomlar bakterinin çoğalma dönemlerinde sayıca artar. Bakterilerdeki “Mezosom” denilen yapılar, sitoplazma zarının bakteri içine doğru olan kıvrımlarından oluşur. Bakterilerin bölünme olaylarında görev üstlendikleri düşünülmektedir. “İnklüzyon cisimciği” denilen bakteri içi cisimciklerin de depo besin maddeleri oldukları düşünülmektedir.
Bakteri türlerini çeşitli özelliklerine göre sınıflandırılabilir. Biz burada onları yalnız görünüşlerine göre kısaca sınıflayacağız.
“Kok” grubu bakteriler tek tek yuvarlak, mum alevi ya da fasulye biçimindeki bakterilerdir. Bunlar belli bir düzende bir araya geldiklerinde değişik gruplar oluştururlar. Örneğin “Dİplolok”lar iki kokun bir araya gelmesiyle oluşurlar. “Streptokok” grubu birçok kokun tespih taneleri gibi arka arkaya dizilmesiyle bir zincir görünümü oluşturur. “Stafilokok” grubunda koklar üzüm salkımına benzer biçimde bir araya toplanmışlardır. “Basil” grubu bakteriler kısa çomak biçimindedirler. Bu grupta tüberküloz ve lepra basilleri yer alır.
“Vibrio” grubunda bakteriler virgül biçimindedirler. “Vibrio kolera” bu gruptandır. “Spirilla” denilen grupta bakteriler kıvrımlı uzun bir çomak biçimindedir. “Spiroket” denilen gruptaki bakterilerin biçimleri ince, uzun ve sık kıvrımlı dalgalıdır. Spiroketler “Borelia”, “Trepanoma” ve “Leptospira” olmak üzere üç alt gruba ayrılırlar.
B-ARKELER (ARKEOBAKTERİLER)
ARKELER (ARCHAEA)
Çok yakın bir tarihe kadar bakteriler aleminde böyle bir ayırım söz konusu değildi.
Fakat son yıllarda özellikle hücre biyolojisi, mikrobiyoloji ve genetik alanındaki
hızlı gelişmeler, birbirinden çok farklı iki grup bakteri olduğunu ortaya koydu.
Fakat son yıllarda özellikle hücre biyolojisi, mikrobiyoloji ve genetik alanındaki
hızlı gelişmeler, birbirinden çok farklı iki grup bakteri olduğunu ortaya koydu.
Günümüzde arkeler ile ilgili olarak yapılan çalışmaların çoğu bu canlıların
sistematik özellikleri ile ilgili değil ekolojik özellikleri ile ilgilidir.
Bu canlılar ekstrem (olağandışı)şartlar nedeniyle oldukça ilgi odağı olmuştur.
sistematik özellikleri ile ilgili değil ekolojik özellikleri ile ilgilidir.
Bu canlılar ekstrem (olağandışı)şartlar nedeniyle oldukça ilgi odağı olmuştur.
Arkeler, kaynayan jeotermal kaynaklardan, yanardağ bacalarının etrafına,
derin deniz termal çukurlarından, tuz göllerine, yüksek asit ve yüksek bazik
özelliğe sahip sular ve topraklara kadar ekstrem şartlarda yaşayabilen canlılardır.
derin deniz termal çukurlarından, tuz göllerine, yüksek asit ve yüksek bazik
özelliğe sahip sular ve topraklara kadar ekstrem şartlarda yaşayabilen canlılardır.
Yakın zamana kadar arkelerin sadece diğer canlıların bulunmadığı şartlarda
yaşayabildikleri düşünülmesine rağmen günümüzde ılımlı koşullarda başka
gruplar ile birlikte yaşayabildikleri saptanmıştır.
yaşayabildikleri düşünülmesine rağmen günümüzde ılımlı koşullarda başka
gruplar ile birlikte yaşayabildikleri saptanmıştır.
Arkeleri yaşadıkları çevresel koşullara bağlı olarak dört
grupta inceleyebiliriz:
grupta inceleyebiliriz:
1-Metanojen Arkeler
2-Aşırı Tuzcullar
3-Aşırı Termofiller
4-Soğuk Seven (Pisikrofilik Arkeler)
2-Aşırı Tuzcullar
3-Aşırı Termofiller
4-Soğuk Seven (Pisikrofilik Arkeler)
Arkeler, Arkea (Yunanca αρχαία, "eskiler" ?den türetme; tekil olarak Arkaeum,
Arkaean, veya Arkaeon), veya Arkebakteriler, canli organizmalarin bir ana bölümüdür.
Yabanci literatürde bu gruptaki canlilar Archaea veya Archaebacteria, grubun tek bir
üyesi ise tekil olarak Archaeum, Archaean, veya Archaeon olarak adlandirilir
Arkeler, Ökaryotlar ve Bakteriler, üç-saha sisteminin (Ingilizce three domain system)
temel gruplaridir. Bakteriler gibi arkaeler de çekirdegi olmayan tek hücreli canlilardir,
yani prokaryotlardir (prokaryotlar alti-alemli siniflandirmada Monera olarak adlandirilirlar).
Ilk tanimlanan arkaeler asiri ortamlarda bulunmus olmalarina ragmen sonradan hemen
her habitatta raslanmislardir.
deniz dibi sicak su kaynaklarinda olugu gibi, çogu zaman 100 °C'nin üstünde yasarlar.
Digerleri çok soguk ortamlarda, veya asiri tuzlu, asit veya alkali ortamlarda bulunurlar.
Buna karsin baska arkeler iliman sartlarda yasarlar (mezofil), bataklik, deniz suyu, toprak
ve atik sularda bulunmuslardir. Çogu metanojenik bakteri gevis getiren hayvanlarin,
insanlarin ve termitlerin sindirim sisteminde bulunur. Arkeler genelde diger organizmalar
için zararsizdir ve hastalik etmeni olarak bilineni yoktur.
Arkeler tercih ettikleri habitatlarina göre üç gruba ayrilirlar. Bunlar tuzsevenler
(halofiller), metanojenler ve isisevenlerdir (termofiller). Halofiller asiri tuzlu ortamlarda
yasar. Metanojenler anaerobik ortamda yasarlar ve metan üretirler.
Bunlar tortu tabakalarinda ve hayvanlarin bagirsaklarinda bulunurlar.
Termofiller sicak su kaynaklari gibi yüksek sicaklikli yerlerde yasarlar.
Bu gruplar mutlaka moleküler genetik yöntemlerle belirlenmis filojenilere
uymayabilirler, tüm arkeleri kapsamayabilirler ve birbirlerini dislamayabilirler.
Gene de, daha ayrintili çalismalara baslangiç olarak faydali sayilirlar.
Bazilari öbeklesir veya 200 μm?ye varan iplikçikler olusturabilir.
Çok çesitli sekillere sahip olabilirler, küresel, çubuk, spiral, yumrulu, yassi kare
sekilli veya dikdörtgen olabilirler.
Ama baska gruplar gibi, elektron tasima zinciri kullanarak fotosentez yapan bir arkae yoktur.
ve Crenarchaeota. Ancak yakin yillarda bu iki gruba ait olmayan bazi baska türler de
kesfedilmistir.
Woese, arke, bakteri ve ökaryotlarin ortak bir atadan (progenot) türemis farkli
evrimsel sülaleler oldugunu öne sürmüstür. Yunanca archae veya eski anlaminda
Arke isminin seçiminin arkasinda bu hipotez yatmaktadir. Daha sonra bu gruplari,
her biri bir çok âlem içeren, bölge (domain) veya üst-âlem olarak tanimlamistir.
Bu gruplandirma sistemi çok popüler olmus, ancak progenot fikri genel destek
görmemektedir. Bazi biyologlar arkaebakteri ve ökaryotlarin özellesmis öbakterilerden
türedigini öne sürmüslerdir.
Arkea ve Ökarya arasindaki iliski biyolojide önemli bir problem olarak sürmektedir.
Yukarda belirtilen benzerlikler bir yana, birçok filogenetik agaç bu ikisini beraber
gruplandirir. Bazilari ökaryotlari Crenarchaeota'lardan ziyade Euryarchaeota'lara
yakin yerlestirir, hücre zari biyokimyasi aksini göstermesine ragmen.
Thermatoga gibi bazi bakterilerde arke-benzeri genlerin kesfi aradaki iliskinin
tanimlanmasini zorlastirmaktadir, çünkü yatay gen transferi olmus olmasi muhtemel
görünmektedir. Bazilari ökaryotlarin bir arkeli ile bir öbakterinin kaynasmasiyla
meydana geldigini öne sürmüslerdir, öyle ki birinci çekirdek, ikincisi ise sitoplazmayi
olusturmustur. Bu hipotez genetik benzerlikleri açiklayabilmekte, ama hücre yapisini
açiklamakta zorluklarla karsilasmaktadir.
Arkelerin bakterilerden farkliliklari rRNA gen dizinlerinin karsilistirilmasi sonucu
ortaya çikmisti. Yukarida belirtilen problemlerin bazilari, gen dizinlerine tek basina
bakmak yerine artik organizmalarin bütün genomlarinin karsilistirilmasi yoluyla
çözülmeye çalisilmaktadir. 2006 Eylül ayı itibariyle 28 arke genom dizini tamamlanmis,
28'i ise kismen tamamlanmistir.
Arkaean, veya Arkaeon), veya Arkebakteriler, canli organizmalarin bir ana bölümüdür.
Yabanci literatürde bu gruptaki canlilar Archaea veya Archaebacteria, grubun tek bir
üyesi ise tekil olarak Archaeum, Archaean, veya Archaeon olarak adlandirilir
Arkeler, Ökaryotlar ve Bakteriler, üç-saha sisteminin (Ingilizce three domain system)
temel gruplaridir. Bakteriler gibi arkaeler de çekirdegi olmayan tek hücreli canlilardir,
yani prokaryotlardir (prokaryotlar alti-alemli siniflandirmada Monera olarak adlandirilirlar).
Ilk tanimlanan arkaeler asiri ortamlarda bulunmus olmalarina ragmen sonradan hemen
her habitatta raslanmislardir.
Habitatlar
Çogu arke, asiriseverdir (ekstremofil). Bazisi yüksek sicakliklarda, geyzerlerde veyadeniz dibi sicak su kaynaklarinda olugu gibi, çogu zaman 100 °C'nin üstünde yasarlar.
Digerleri çok soguk ortamlarda, veya asiri tuzlu, asit veya alkali ortamlarda bulunurlar.
Buna karsin baska arkeler iliman sartlarda yasarlar (mezofil), bataklik, deniz suyu, toprak
ve atik sularda bulunmuslardir. Çogu metanojenik bakteri gevis getiren hayvanlarin,
insanlarin ve termitlerin sindirim sisteminde bulunur. Arkeler genelde diger organizmalar
için zararsizdir ve hastalik etmeni olarak bilineni yoktur.
Arkeler tercih ettikleri habitatlarina göre üç gruba ayrilirlar. Bunlar tuzsevenler
(halofiller), metanojenler ve isisevenlerdir (termofiller). Halofiller asiri tuzlu ortamlarda
yasar. Metanojenler anaerobik ortamda yasarlar ve metan üretirler.
Bunlar tortu tabakalarinda ve hayvanlarin bagirsaklarinda bulunurlar.
Termofiller sicak su kaynaklari gibi yüksek sicaklikli yerlerde yasarlar.
Bu gruplar mutlaka moleküler genetik yöntemlerle belirlenmis filojenilere
uymayabilirler, tüm arkeleri kapsamayabilirler ve birbirlerini dislamayabilirler.
Gene de, daha ayrintili çalismalara baslangiç olarak faydali sayilirlar.
Şekil
Arke hücrelerin çaplari 0.1 μm ila 15 μm?nin üstü arasinda degisir.Bazilari öbeklesir veya 200 μm?ye varan iplikçikler olusturabilir.
Çok çesitli sekillere sahip olabilirler, küresel, çubuk, spiral, yumrulu, yassi kare
sekilli veya dikdörtgen olabilirler.
Metabolizma
Metabolizmalari çok çesitlidir. Halobakteriler ATP üretmek için isik kullanirlar.Ama baska gruplar gibi, elektron tasima zinciri kullanarak fotosentez yapan bir arkae yoktur.
Evrim ve sınıflandırma
Arkeler rRNA filojenetik agaçlarina göre iki ana gruba ayrilirlar, Euryarchaeotave Crenarchaeota. Ancak yakin yillarda bu iki gruba ait olmayan bazi baska türler de
kesfedilmistir.
Woese, arke, bakteri ve ökaryotlarin ortak bir atadan (progenot) türemis farkli
evrimsel sülaleler oldugunu öne sürmüstür. Yunanca archae veya eski anlaminda
Arke isminin seçiminin arkasinda bu hipotez yatmaktadir. Daha sonra bu gruplari,
her biri bir çok âlem içeren, bölge (domain) veya üst-âlem olarak tanimlamistir.
Bu gruplandirma sistemi çok popüler olmus, ancak progenot fikri genel destek
görmemektedir. Bazi biyologlar arkaebakteri ve ökaryotlarin özellesmis öbakterilerden
türedigini öne sürmüslerdir.
Arkea ve Ökarya arasindaki iliski biyolojide önemli bir problem olarak sürmektedir.
Yukarda belirtilen benzerlikler bir yana, birçok filogenetik agaç bu ikisini beraber
gruplandirir. Bazilari ökaryotlari Crenarchaeota'lardan ziyade Euryarchaeota'lara
yakin yerlestirir, hücre zari biyokimyasi aksini göstermesine ragmen.
Thermatoga gibi bazi bakterilerde arke-benzeri genlerin kesfi aradaki iliskinin
tanimlanmasini zorlastirmaktadir, çünkü yatay gen transferi olmus olmasi muhtemel
görünmektedir. Bazilari ökaryotlarin bir arkeli ile bir öbakterinin kaynasmasiyla
meydana geldigini öne sürmüslerdir, öyle ki birinci çekirdek, ikincisi ise sitoplazmayi
olusturmustur. Bu hipotez genetik benzerlikleri açiklayabilmekte, ama hücre yapisini
açiklamakta zorluklarla karsilasmaktadir.
Arkelerin bakterilerden farkliliklari rRNA gen dizinlerinin karsilistirilmasi sonucu
ortaya çikmisti. Yukarida belirtilen problemlerin bazilari, gen dizinlerine tek basina
bakmak yerine artik organizmalarin bütün genomlarinin karsilistirilmasi yoluyla
çözülmeye çalisilmaktadir. 2006 Eylül ayı itibariyle 28 arke genom dizini tamamlanmis,
28'i ise kismen tamamlanmistir.
